ニンテンドーアカウントのMiiを編集・反映する機能は「ニンテンドーアカウントでピクミンブルームにサインインしている」状態でないと機能しないようです。
リンクされている別のアカウント（GoogleやFacebookやAppleID）でサインインしていないか、「設定」＞「アカウント」の「ログインアカウント」の項目を確認してみてください。
もし「Nintendo」以外のアカウントでサインインしている場合は、「設定」＞「ログアウト」で一旦ログアウトしてから、アプリを再起動しニンテンドーアカウントでサインインしなおせば、問題が解決するかも知れません。ご参考まで。